Ahi Evran Üniversitesi, eğitim ve yönetim kalitesini artırmak amacıyla Eğitimde Kalite Güvence Sistemi Koordinatörlüğü ve Kalite Yönetim Koordinatörlüğü ile süreçlerini titizlikle yönetmektedir. Üniversite, kendi kaynaklarıyla geliştirdiği ödüllü yazılımı Bütünleşik Kalite Yönetim Sistemi (BKYS) ile dikkat çekmektedir. Bu yazılım, birçok üniversite tarafından kullanılmaktadır ve kalite yönetiminde önemli bir araç olarak öne çıktı.
Üniversite, Yükseköğretim Kalite Kurulu Kurumsal Akreditasyon Programı kapsamında 5 yıllık tam akreditasyon belgesi almıştır. Ayrıca, Avrupa Kalite Yönetim Vakfı (EFQM) Modelinde Üstün Performansta Yetkinlik Aşamalarında 5 yıldız alan tek üniversite olarak tanınıyor. Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi, eğitim ve yönetimdeki kaliteyi sürekli olarak geliştirmek amacıyla çeşitli kalite sertifikalarına sahiptir. Bunlar arasında TSE-ISO-EN 9000 sertifikası ve EFQM ödülleri bulunmaktadır. Bu sertifikalar, üniversitenin kalite yönetiminde ulaştığı yüksek standartları ve mükemmelliği vurgulamaktadır.
