15 Şubat 1998'de yapılan genel kurulda, diğer başkan adayı Vefa Küçük'ü 1 oyla geçerek, Fenerbahçe'nin 36. başkanı olarak seçilmişti Aziz Yıldırım. Genel kurulda 3 bin 94 üye oy kullanırken, Aziz Yıldırım 1469, Vefa Küçük 1468, 3. aday Ömer Çavuşoğlu ise 157 oy aldı. Seçimde başkanlığı Aziz Yıldırım kazanırken, yönetim kurulu ve diğer kurullara Vefa Küçük'ün listesi seçildi.
Aynı yıl 13-14 Haziran'da yapılan olağanüstü genel kurulda tek aday olan Aziz Yıldırım, bir kez daha bu kez kendi yönetim kurulu listesiyle birlikte seçildi.
Futbol takımının başına Almanya milli takımının şu anki antrenörü olan Joachim Löw'ü getiren Aziz Yıldırım ezeli rakibi Galatasaray'ın iki yıllık üstünlüğünü kırmak istiyordu fakat lig sonunda Galatasaray yine şampiyon olmuştu.
Yıldırım, 1999 yılında Fenerbahçe'nin üst üste kötü sonuçlar alması ve son olarak Pendikspor'a Türkiye Kupası'nda 2-1 yenilmesinin ardından kulüp başkanlığına yeniden aday olmayacağını açıklar.
15 Ocak 2000'de olağanüstü genel kurul, grup liderleri Kazım Bayülken, Onur Kayador ve Aziz Yılmaz'ın yanı sıra genel kurul üyelerinden bazılarının verdiği 2 ayrı önergeyle, oy çokluğuyla iptal edilir ve Aziz Yıldırım, 19-20 Şubat 2000'deki olağan genel kurula kadar başkanlığını sürdürür.Olağan genel kurulda yeniden aday olan Yıldırım 2 bin 657 oyla yeniden başkanlığa seçilir.1998'de 1 oy farkla geçtiği diğer başkan adayı Vefa Küçük ise bu kez 1980 oy alır.
Aziz Yıldırım, 19 yıllık başkanlığı döneminde 2 kez görevi bıraktığını açıklar.
Yıldırım, 2000-2001 sezonunda futbol takımının şampiyon olmasının ardından sezon sonunda “ Sağlık nedenleri ve ailesine yeterince vakit ayıramadığı” gerekçesiyle başkanlık görevini bıraktığını açıklamıştı. Ancak camianın ve sarı-lacivertli taraftarların baskısı üzerine devam etme kararı alan Aziz Yıldırım, güvenoyu için 30 Haziran-1 Temmuz 2001'de yapılan olağanüstü genel kurulda tek aday olarak seçime girer ve 4. kez başkan seçilir.
Aziz Yıldırım, 3 Mart 2002, 7 Mart 2004 ve 5 Mart 2006'da yapılan olağan kongrelerde tek aday olarak seçime girdi ve başkanlığa seçildi.Futbol takımı 2005-06 sezonunda son maçta Denizlispor ile deplasmanda 1-1 berabere kalarak şampiyonluğu yitirince, Yıldırım bir kez daha görevi bıraktığını açıklar.Ancak yine camianın baskısıyla bu kararından vazgeçen Aziz Yıldırım, 24-25 Haziran 2006'da yapılan olağanüstü genel kurula yine tek aday olarak girerek, bir kez daha Fenerbahçe Kulübü Başkanlığı'na seçilir.
Yıldırım, 23-24 Mayıs 2009'da yapılan olağan genel kurulda, geçerli 6 bin 335 oyun, 5 bin 53'ünü alarak, 1216 oy alan Şadan Kalkavan'ın önünde yer alıp, 9. kez Fenerbahçe'ye başkan seçilir.Kongrenin 3. başkan adayı Funda Sibel Pala'ya ise sandıktan 66 oy çıkar.
Futbolda şike iddialarına yönelik soruşturma kapsamında, 3 Temmuz 2011'de gözaltına alınan ve 10 Temmuz 2011'de tutuklanarak Metris Cezaevi'ne konulan Aziz Yıldırım, yaklaşık 1 yıl tutuklu kaldıktan sonra 2 Temmuz 2012'de tahliye edildi.
Aziz Yıldırım, başkan adayı olduğu 19-20 Mayıs 2012'de yapılan son kongreye “Futbolda şike” iddialarına yönelik davada tutuklu yargılandığı için katılamadı. Başkanlığa aday olduğunu açıklayan kongre üyesi Murat Çelikel'in kongrenin ilk günü çekilmesiyle tek aday olan Yıldırım, cezaevinde olduğu dönemde girdiği seçimde kullanılan 5 bin 271 oyun 5 bin 269'unu alarak 10. kez Fenerbahçe Kulübü'ne başkan oldu.
Aziz Yıldırım, 19 yıllık dönemde 7 olağan, 3 kez de olağanüstü kongrede olmak üzere 10 kez başkan seçildi.
2000 doğumlu çocuklar hep Fenerin başkanı olarak Aziz başkanı gördü ,"Cannes(kan) ve Van" facialarını ,Pendiği,Denizli'de bıraktığımız,Bursa'ya verdiğimiz son dakika şampiyonluklarını hep beraber yaşadık,nasıl unuturuz İzmir'de gelen şampiyonluk sonrası gözyaşını sildiğin sarı mendilini..!
Sen bizler için çooook değerlisin seninle yaşadık sevinci,acıyı,üzüntüyü,seninle bildik futboldaki dürüstlüğü.Sen hep tek kaldın Fenerbahçe gibi Denizli'de şampiyonluk maçında bilet vermemek için ikametgah istenirken, para dolu çantalar havada uçuşurken Sen suçlu gösterildin ama 20:45'te şampiyonuz diyen zihniyetler hep aklandı.Bütün takımlar Bursa'nın şampiyon olması için ter dökerken sen ve Fener yine yalnızdı.
Dedik ya Sen bizler için çok değerlisin, yaptırdığın tesisler,stadyum , stadyum derken biz paramızla alın terimizle senin öncülüğünde stadımızı yaparken devlet öbürlerine tek tek bizlerin vergisi ile stadyum yaptı ama yine Sen ve Fener kötü çocuk oldu.
3 Temmuz süreci nasıl unutulur,Bursa gibi el ele şampiyon yapılmak istenen bir takımın önünde bütün Türkiye birleşti,devletin savcısı,hakimi,polisi bir oldu biz yine tektik,sen içerideyken bizler dışarıda terör örgütü muamelesi görüp tomanın suyunu içip,polis jopları ile kovalandık ama sevdamıza kimse engel olamadı.
Senin yaptığın herşeyi sinemize çektik yaptığın transferler,getirdiğin yerli yabancı antrenörler herkesi herşeyi kabul ettik sırf senin sevginden sana olan saygıdan,kimi zaman futbolcunun iyisini getirdin takımın hocasını seçemedin,hocayı getirdin futbolcuyu getirmedin,hep biryeri eksik bıraktın,takımı ben şampiyon yaptım dedin hocaları küçümsedin,bak basketbol şubesine orada işler nasıl düzgün gidiyor çünkü oradaki hoca resti çekti giderim dedi ve Sen hocanın işine karışmadın,peki futbolda niye yapamadın bunu?Belkide futbol piyasası basketbol piyasasından farklıydı,belkide basketboldaki ayak oyunları değişikti.
Kanı beş para etmez adamlar senin hakkında yorumlar yapıyor eleştiriyor neden çünkü malzemeyi Sen veriyorsun başkanım,herzaman medyaya malzeme vermeyede devam ettin,sokakta futboldan anlamayan adam bile Fener yenilince Seni suçladı.
“Aziz Yıldırım gitsin Türk futbolu düzelir “ , bunu yazdı ve çizdi yandaş medya ve halk bunu yedi , Senden sonra Türk futbolu düzelir mi ? Elbetteki hayır..!
Sevgili başkanım herşeyin bir sonu olduğu gibi bu beraberliğimizinde bir sonu olacak elbette sen bizim baştacımızsın daha kötü olmadan gel bu işi bırak onursal başkanımız ol otur locana yak puronu al eşini çocuğunu alkışlar içinde seyret maçını.
19 yıl dile kolay ömrünü verdin,sağlığını verdin,zamanını verdin,hapislerde yattın niye Fener için sevdan için,eğer bu sevdayı ve kendini düşünüyorsan gel inadı bırak senden sonra gelecek başkanın elinden tut büyüklüğünü göster ve bundan sonra yeni başkanımla beraberiz de.
Ligin bitmesine 13 hafta var koskoca takımın bir amacı bir hedefi yok ne kadar üzücü değil mi?
Sevgili başkanım lütfen Fenerbahçe ' mi geri ver ..!